شروع مخالفت‌ها
چیزی از پیوستن ایزاک نیوتون سی ساله به انجمن سلطنتی نگذشته بود که نخستین مقاله خود را انتشار داد. در این مقاله یکی از نظریه‌هایش را شرح داده بود. نیوتون درباره نظریه نور و طیف سخن گفته بود. او در این دوران با دانشمند برجسته دیگری به نام رابرت هوک نیز ملاقات کرد که بعدها دبیر انجمن سلطنتی شد.هر دو مرد دانشمندان معتبر و شخصیت‌های برجسته‌ای بودند، اما نگرش آنها به علم کاملاً متفاوت بود. آنها هرگز با هم اتفاق نظر نداشتند.

نیوتون همواره بسیار محتاط و موشکاف بود. او روی هر مسئله آن قدر پافشاری می‌کرد تا پاسخ آن را بیابد. هوک دانشمندی برجسته بود و به طور هم‌زمان روی مسائل مختلفی کار می‌کرد. اما او، برخلاف نیوتون مسائل را عمیق بررسی نمی‌کرد. هوک خود را در مورد نور خبره می‌دانست. او با نظریه نیوتون مخالفت و روی عقاید خودش پافشاری می‌کرد. نیوتون برای نخستین بار در زندگی با نظریه علمی هم‌تراز با نظریه خود روبه رو می‌شد. تا سالها بعد بحث‌های تندی در انجمن سلطنتی و در محافل علمی درگرفت. از همان دیدار نخست هر دو نشان دادند که نمی‌توانند دوست هم باشند و اغلب با هم دشمنی می‌ورزیدند.

نیوتن و کیمیاگری
در کمبریج آیزاک تحقیقات خصوصی خود را ادامه می داد. ریچارد وستفال در زندگینامه او می‌نویسد: «در مورد نیوتون مهم این است که او ظرفیت خود را تشخیص داد، زیرا اهمیت دستاوردهایش را درک کرد. او صرفاً خود را با استانداردهای کمبریج دوران بازگشت چارلز دوم به سلطنت انگلستان نمی‌سنجید؛ بلکه خود را با رهبران برجسته علم در اروپا مقایسه می‌کرد که کتاب‌هایشان را خوانده بود.»

نیوتون به سبب آن همه بحث و جنجال در انجمن سلطنتی، تصمیم گرفت مدتی از فیزیک و ریاضی دست بکشد. به جای آن وقت خود را به تعمیق تحقیقاتشان در حوزه‌های دیگر علم اختصاص داد. تا چندین سال، موضوعی که بیش از همه ذهنش را به خود مشغول می‌کرد کیمیاگری بود که پدر علم شیمی به شمار می رود. کیمیاگران دانشمند نبودند. آنها بیشتر به جادوگران شباهت داشتند و هدف آنها دستیابی به چیزهای دست نیافتنی بود (ساختن معجون فناناپذیری، مهر دارو و داروهای جادویی). ایزاک نمی‌خواست به چشم کیمیاگر به او نگاه کنند. آنها کمتر کشف‌های خود را یادداشت می‌کردند و در حقیقت اصلاً نمی‌دانستند که چه کارهایی دارند انجام می‌دهند. نیوتون فقط به این سبب به سراغ این امور می‌رفت که عطش سیری‌ناپذیری برای دانستن داشت. او می‌خواست همه چیز را بداند و هر حوزه‌ای از تحقیق او را جلب می‌کرد. او می‌دید که افراد ناواردی که کیمیاگری می‌کنند، بسیار بی‌نظم‌اند و کارهایشان را به صورت پراکنده انجام می‌دهند. نیوتون به این نتیجه رسید که می‌تواند سهم ارزشمندی در این حوزه ناشناخته علم داشته باشد.

نیوتن: دانشمند دقیق
نیوتون که همیشه موشکاف و دقیق بود کشف‌های خود در کیمیاگری را یادداشت می‌کرد و همه ایده‌هایش را با آزمایش می‌آزمود. بسیاری از مردم نیوتون را «نخستین دانشمند واقعی» می‌داند زیرا روش‌هایی که به کار می‌بست بسیار دقیق و منظم بود و برای توصیف مشاهداتی که با آزمایش آنها را اثبات کرده بود، از ریاضیات استفاده می‌کرد. نیوتون این روش‌ها را در کیمیاگری نیز به کار بست، اما برخلاف حوزه‌های فیزیک و ریاضی، دستاورد مهمی نداشت. روزهای متوالی در آزمایشگاهی که خود در کالج ترینیتی ساخته بود می‌نشست. او مجموعه‌ای از بطری‌ها و لوله‌های آزمایش، بِشِرها و چگالنده‌ها برای خود ساخته بود و پیاپی آزمایش انجام می داد. اما بخت با او یار نبود. اسرار شیمی همیشه از چنگ او می‌گریخت و پس از سالها تحقیق به نتایج اندکی رسید. سپس، در یکی از شب‌های گرم ماه ژوئن سال ۱۶۷۹، اخباری دریافت کرد که مسیر زندگیش را تغییر داد و به تحقیقات او در زمینه کیمیاگری خاتمه بخشید. مادرش هانا به شدت بیمار بود. او بلافاصله به زادگاه خود لینکن شِر بازگشت.

بار دیگر در لینکلن شِر
طی شش ماه بعد، نیوتون نمی‌توانست به کیمیاگری یا حتی به فیزیک و ریاضی که آن قدر مورد علاقه‌اش بود، فکر کند. تمام وقت او صرف رسیدگی به امور املاک مادرش می‌شد. بجز بنجامین اسمیت، برادر ناتنی و کوچک‌تر نیوتون و پسر همان پدر خوانده منفور، آیزاک تنها وارث مادرش بود.

چندین ماه طول کشید تا به هزینه‌های خانه اربابی و مزرعه مجاور آن رسیدگی شود. بنجامین جوانی غیرقابل اعتماد بود و نیوتون نمی‌توانست اداره ملک را به او بسپارد. اوضاع از این هم بدتر شد. بنجامین به بستر بیماری افتاد و زمین‌گیر شد و نیوتون ناگزیر شد پرستاری هم برای او به خدمت بگیرد. سرانجام در اوایل سال ۱۶۸۰ نیوتون توانست اداره امور ملک را به مباشری شایسته بسپارد و به سراغ علم و دانش و آزمایش‌های خود در کالج ترینیتی برود.